翌週から色々調べたりテスト走行したりした結論から先に言うと、失火の原因となった部品はイグナイタ本体だった。
サービスマニュアルの回路図から配線をたどり、バッテリーおよびジェネレータからプラグまでの経路を総チェックしたが、幾つかの条件でイグナイタ本体を原因として仮定。

仮定の根拠として
・エンジンが冷えている時点では失火が発生しない

・走行テスト時、エンジンを始動してから約３０分程度で症状が出るという一定した時間

・一度、失火の症状が出ても、エンジン停止を一定の時間行うと一時的に回復する
　　→エンジンからの熱が原因に絡むと考えられ、しかもエンジン内部より外部

・配線上の問題（断線など）であれば走行開始からの時間に関係なく失火が出るはず
　　→振動で接触不良の線は無いと想定できる

・失火するときはタコメーターの針も連動して落ちている
　　→機械的な原因より、火花の発生源そのものに近い箇所が原因と思われる

・回路図上、唯一の完全ブラックボックス箇所である
　　→ジェネレータよりも複雑な構成、かつ、唯一の無接点回路構成パーツ

の５点が頭の中にあった。

サイフには厳しかったが最も怪しいイグナイタを新品パーツで取り寄せ交換し、確認として症状が発生した曜日・時刻で同じルートを辿り、最初に失火を確認した場所を無事クリア。
トラブル発生時に失火が激しくてＵターンした箇所も無事に通過し、結局、箱根までサクサクとたどり着き都内に帰宅するまでトラブルは発生しなかった。

考えられる原因としては、イグナイタの位置がエアクリーナーボックス上にあり、エンジンからの熱を受けやすいことから、走行開始後（エンジン始動後）にエンジンの熱を受けていた。
エンジンの熱を受けたイグナイタ内部の電子部品が熱劣化に似た（要は不良品となっていたパーツありってこと）症状を起こし、点火系のコントロールを司る機能に障害が発生、失火となる。
走行が困難になり、停車をして一定時間放置するとイグナイタの温度が若干下がり、次の熱が蓄積されるまでの時間分だけ失火を押さえて走行可能。（当然、冷め切っていないエンジンとイグナイタなのですぐに失火が始まる）
イグナイタ自体はモールド加工されているので内部構成パーツまで調べることができないし私にはその電気的知識も無い、運悪くイグナイタが不良品になりやすい車体を買ったと言うことで割り切って不良イグナイタはさっさと廃棄した。